Située au  sommet du village, elle est séparée du château par un mur et se distingue par sa silhouette massive et trapue, son orientation et l’évolution qu’elle a subie au cours des âges.
Il est difficile de se prononcer quant à l’origine et au style de cet édifice ; toutefois, on peut supposer qu’elle existait dès le XIIIème siècle puisqu’on sait qu’en 1225, l’archevêque de Lyon nommait à la cure de Fontanès.
Les mentions de l’Eglise de Fontanès sont plus rares que celles du château. Le pouillé (registre des bénéfices d’une circonscription ecclésiastique) lyonnais de 1225 nous apprend que « l’ecclesia de Fontaneto » est placée sous le patronage de l’Eglise de Lyon. Bien que qualifiée d’ecclesia (église) et non de cappela (chapelle), l’église de Fontanès est une dépendance de celle de Grammond et ce jusqu’au début du XIXème siècle, comme en témoigne l’intitulé du Cahier de Doléances (1789) : «Paroisse de Fontanès, annexe de celle de Grammond ». Ce lien de sujétion laisse donc penser que l’église de Fontanès était d’origine castrale,  c'est-à-dire appartenant à un château.
Fontanès est devenu une paroisse autonome le 28 août 1808. Les premiers prêtres sont : Jean-Marie BOUCHANT (dont on retrouve le nom sur les cloches), Jean-Pierre BRUYERE, et Laurent FRAPPA (qui fit édifier la croix de Mission en 1850).
 
L’église est construite en pierre locale, qui assure solidité et longévité. A l’extérieur, sur la façade d’entrée et le flanc droit, on note la présence de contreforts qui relèvent de l’architecture religieuse romane. Leur rôle est d’assurer le raidissement des murs et la stabilité. Ces piliers massifs en pierre sont couverts d’un glacis en pente douce pour permettre l’écoulement des eaux de pluie. 
 
On accède à l’édifice par une volée de 7 marches faites de dalles en grès houiller sur les parements desquels on peut distinguer des gravures lapidaires, correspondant à des signatures de tâcherons.
Il s’agit de signes distinctifs (lettre, objet, figure géométrique)  que chaque tailleur devait graver sur une des faces de la pierre afin que le chef de chantier puisse vérifier la qualité de son travail et dénombrer la quantité de pièces équarries pour le payer en conséquence. On peut aussi penser que ces marques permettent le placement des pierres qui doivent se juxtaposer. 
Cette montée d’escaliers permet aux fidèles de se préparer à passer  du monde profane  au monde sacré.
Le portail en arc brisé est du XVè siècle, en grès houiller de Saint-Etienne. Il se présente sur une façade à pignon unique et supporte un tympan orné d’une sculpture en fort relief : croix et feuillage.  Il est  surmonté d’un oculus (fenêtre ronde). Les portes  sont en chêne. Au-dessus, en bordure de toit, se dresse  une croix qui semble veiller sur l’entrée des fidèles.
A l’intérieur, on découvre une église à trois nefs. La première travée de gauche est la plus décorée, on peut admirer  deux petits sujets, porteurs d’un écusson, sculptés dans les pierres de voûte. 
 
A droite en entrant, un remarquable bénitier en pierre, de forme elliptique, est supporté par un lion, ou tout autre animal apocalyptique, tenant entre ses pattes un écu dont le champ porte quelques lettres : LVNIER et une date difficile à déchiffrer 15( ?)36.
Dans le pavé, sont encastrées trois pierres tombales du XVIIème siècle.
L’abside est formée d’une voûte semi circulaire dite en  cul-de-four. La niche qui sert de tabernacle est de pur style gothique ; elle représente l’écusson de la famille Maugiron d’Ampuis, dont un fils épousa Catherine de Saint-Priest Chalus en 1670. 

En 1957, des travaux importants menés par le Père Besson, curé de la paroisse,  ont donné le visage actuel de l’église. Le 8 décembre de la même année fut installée une statue de la vierge en bois doré du XVIè siècle, originaire du Forez. Le socle sur lequel elle repose est une vis de moulin, probablement celui des Sallons.
 
En septembre 1997, on procède à la réfection de la toiture. Une étude réalisée par Christian LE BARRIER,  archéologue, a permis la datation précise des bois qui la composent. La plupart des pièces proviennent d’arbres abattus au cours de l’hiver 1489-90. Ces bois sont façonnés et de ce fait destinés à être vus. Cela, ajouté au fait que l’écusson de la famille Saint-Priest est gravé sur un arc situé au-dessus de la voûte actuelle du chœur, permet d’affirmer qu’à l’origine cette charpente était apparente à l’intérieur de  cet édifice qui constituait très probablement une partie de l’ancien château. 
Les voûtes actuelles ont donc été construites ultérieurement. Les arcs et les piliers sont irréguliers, comme si l’on avait procédé à des agrandissements et modifications successifs. Les mêmes doutes s’appliquent au clocher qui, contrairement à la tradition, est situé au-dessus du chœur  et qui forme un avant-corps auquel on a par la suite accolé la sacristie. Il est bas à section carrée sur toute sa hauteur, percé de baies irrégulières en cintres supportant les abat-son (auvents posés en biais pour renvoyer le son des cloches vers le sol), il est recouvert d’un toit plat en tuiles rouges et surmonté d’une croix.
« La décision finale de conserver au maximum les bois anciens est à l’évidence la meilleure solution qui  puisse avoir été adoptée. L’église conserve ainsi des bois qui continueront à faire long usage et pourront de nouveau, si la nécessité s’en faisait sentir, être étudiés à partir d’interrogations en provenance de l’édifice lui-même ».
Christian LE BARRIER – Archéologue – Octobre 1997
 
Pour que la lumière puisse pénétrer à l’intérieur de l’église,  malgré l’épaisseur des murs, huit vitraux éclairent l’église.
A droite en rentrant,  Saint-François d’Assise, puis Saint-Pierre, 1er  Pape et  Saint-Jean évangéliste.
Dans le chœur, Saints Jean et Paul, deux frères soldats mis à mort à Rome dans leur propre maison, sont les patrons de la paroisse de Fontanès depuis 1348, ainsi que l’atteste une lettre de 1750, signée du patriarche de Constantinople qui authentifie leurs reliques. Ils tiennent dans leurs mains le village de Fontanès. Rome, est représentée sur le haut du vitrail. Le glaive est le symbole de leur supplice.

 A gauche, en entrant, Saint Dominique, puis Saint Roch et  Saint Paul.
 
Au-dessus de la porte d’entrée : la Cène représentant le dernier repas pris avec Jésus et ses Apôtres au soir du Jeudi-Saint. On peut remarquer sa transparence qui laisse pénétrer une lumière douce illuminant ainsi les personnages. Cette luminosité nous offre l’émotion de l’ouvrage. 

Le clocher
Les cloches de l’église rythment la vie journalière de la communauté, marquant les heures, l’appel des fidèles pour les cérémonies religieuses, les grands évènements de la vie de chacun : carillon pour les baptêmes et mariages, glas pour les décès. L’Angélus continue de sonner trois fois par jour ; autrefois, c’était le signal du départ ou du retour des champs. Les événements  collectifs tels qu’une déclaration de guerre ou sa fin étaient marqués par le tocsin, de même que la coutume voulait que l’on sonne les cloches pour éloigner les orages.
 
Les 3 cloches de Fontanès ont été fondues à Lyon par BURDIN, fondeur. En bronze, elles pèsent environ 700 kg chacune.
Elles ont été électrifiées en 1997.

1ère cloche :
Datée de 1816, diamètre 83 cm, hauteur 75 cm.
Elle porte les inscriptions suivantes :
STE MARIE PRIE POUR NOUS
MUR BOUCHANT CURE
PARRAIN MUR ETIENNE POINT – MARRAINE MME CATHERINE BLANCHARD FEMME POINT
MUR FNOTANES MAIRE

2ème cloche :
Datée de 1815, diamètre 68 cm, hauteur 64 cm
Elle porte l’inscription suivante :
CONGREGAMINI ET VENITE ce qui signifie RASSEMBLEZ-VOUS ET VENEZ

3ème cloche :
Datée de 1816, diamètre de 96 cm, hauteur 92 cm. Elle porte les inscriptions suivantes :
ST JEAN ET ST PAUL PATRONS DE CETTE PAROISSE
MUR BOUCHANT CURE
MUR ET MME DE FONTANES PARRAIN ET MARRAINE
Sur le battant :
ST JEAN ET ST PAUL PRIEZ NOUS
1331 LIVRE
 
Au diapason 440,  elles donnent le son SOL, le son LA et le son DO#
 
L’horloge du clocher  a été installée au début du XXème siècle.
Après des années de service et abimée par les intempéries, elle a été remplacée par une horloge neuve en 1997. Depuis, les heures ne sonnent plus la nuit afin de préserver le silence nocturne.